El claustro, cuya primera noticia documental es del siglo XIII, es de planta trapezoidal abierto a las crujías mediante arcos de medio punto que apean sobre columnas pareadas. Destacan los seis capiteles historiados de la primera mitad del siglo XII que, a excepción de dos, relatan temas del Génesis: Creación de Adán, donde la Trinidad se representa con un cuerpo y tres cabezas; Tentación de Adán y Eva; Abel decapitado por Caín; Consagración de la iglesia en 1099; el Diluvio Universal e Historia de Abraham.

En el claustro se abren varias capillas, como la de San Antonio con bóveda de crucería y decoración en estuco y la capilla de San Fabián y San Sebastián, por la que se accede a la torre campanario.

En los muros existen pinturas murales que van desde el siglo XV al XVI, dedicadas a la Infancia y la Pasión de Jesús. A la infancia corresponden las escenas de la Anunciación de María, el Nacimiento de Jesús, la Epifanía, la Presentación del Niño en el Templo, la Huida a Egipto y el bautizo San Juan Bautista. En la zona superior se representa el final de su vida pública, la Pasión y Muerte recogidas en la Santa Cena, Jesús orando el huerto, la traición de Judas, el lavatorio de Pilatos, el Calvario, la negación de San Pedro y la Crucifixión de Cristo.